Ta renesansowa świątynia to najwyższa budowla Starego Miasta. Mimo to pozostaje niejako w cieniu leżącej tuż obok katedry. Takie miało być zalecenie o. Piotra Skargi SJ, który rzekomo powiedział, że kościół ten ma dominować, ale nie przytłaczać sąsiadującej z nim świątyni. Historia kościoła sięga początku XVII wieku. Za katedrą znajdowała się wówczas niewielka uliczka, której teren miasto darowało zakonowi Jezuitów w 1598 roku. W 1602 roku zakon dokonał zakupu znajdującej się po drugiej stronie owej uliczki kamienicy. Następnie, w 1609 roku kamienicę tę wyburzono i rozpoczęto na jej miejscu wznoszenie kościoła. Inicjatorem tego przedsięwzięcia był między innymi o. Piotr Skarga. Budowlę wzniesiono w stylu późnorenesansowym, z okazałą kopułą i smukłą wieżą. Budowę finansował między innymi król Zygmunt III Waza.
Kamień węgielny pod kościół, wtedy pod wezwaniem Narodzenia NMP i Św. Ignacego (biskupa i męczennika), poświęcono w 1609 roku. Ukończenie budowy i konsekracja nastąpiły w roku 1626. W 1627 roku, po wyburzeniu kolejnej kamienicy przy Świętojańskiej, dobudowano do świątyni trzy kaplice. W roku 1633 natomiast dobudowano kruchtę, a w 1636 we wnętrzu wybudowano chór muzyczny. Przez pierwszą połowę XVII w. trwało wyposażanie wnętrza świątyni, niestety, w 1656 roku zostało ono zdewastowane przez Szwedów. Wiek XVIII to okres przywracania kościołowi jego świetności i kolejnych przeróbek. Między innymi dobudowano wtedy do świątyni kolejne dwie kaplice.
Po 1773 roku, kiedy to dokonano kasaty zakonu jezuitów, kościół kilkakrotnie przechodził z rąk do rąk. Między innymi był kościołem szkolnym, potem zdegradowano go do roli składu sprzętów kościelnych, a jeszcze później przekazano zakonowi Pijarów. Jezuici odzyskali go dopiero po I wojnie światowej. W latach 20-tych i 30-tych XX wieku kościół był ponownie remontowany, jednak w czasie Powstania Warszawskiego w 1944 roku został doszczętnie spalony. Do jego odbudowy Jezuici przystąpili w 1948 roku i trwała ona do 1957 roku. Do roku 1973 roku trwało ponowne wyposażanie wnętrz. W przeciwieństwie do sąsiedniej katedry, kościół Jezuitów odbudowano po wojnie zgodnie z jego przedwojennym wyglądem, w renesansowej formie.
Nasze Sanktuarium było dwukrotnie nawiedzane przez Ojca św. Jana Pawła II: 2 czerwca 1979 roku oraz 16 czerwca 1983 roku. Niezależnie od tych wizyt, Papież pozostawił nam przy okazji swojej pielgrzymki do Polski w 1999 roku przepiękną pamiątkę w postaci Aktu zawierzenia Matce Bożej Łaskawej:
"Matko Słowa Wcielonego, Pani Łaskawa, miej w opiece Warszawę, jej mieszkańców i całą naszą Ojczyznę! Strzeż obecności Twojego Syna w sercach wszystkich ochrzczonych, aby pamiętali zawsze o swej godności ludzi odkupionych krwią Chrystusa, wezwanych do ufności Bogu i do służenia z miłością człowiekowi.
Wypraszaj, Maryjo Twojemu ludowi wytrwałość, której potrzebuje, aby mógł pełnić wolę Ojca niebieskiego i dostąpić spełnienia obietnicy zbawienia. Niech pod Twoją opieką ziarno świętości, tak bogato posiane na polskiej ziemi, stale się rozwija ożywiane łaską Ducha Świętego i wydaje obfite owoce w kolejnych pokoleniach. Amen"
/Jan Paweł II, Warszawa, 13 czerwca 1999 roku/
Do szczególnie cennego wyposażenia należą między innymi:
Zapraszamy też na wirtualny spacer po podziemiach i kościele.
