Obecność jezuitów w Warszawie łączy sie ściśle z przeniesieniem dworu królewskiego, na którym podsługiwali oni jako kapelani, spowiednicy, teologowie i kaznodzieje królewscy.
1. Kaznodziejstwo.
Z czasem, gdy wybudowano już kościół, jezuici prowadzili w nim nabożeństwa i głosili kazania po polsku, a od 1626 roku również po niemiecku, niekiedy też po francusku i włosku. Jezuici głosili także kazania w kościele św. Benona oraz w kościele Nawiedzenia NMP na Nowym Mieście.
- Wprowadzono czterdziestogodzinne nabożeństwo.
- Odprawiano nabożeństwa żałobne za zmarłych monarchów, na które przybywał dwór królewski, magnateria, szlachta i mieszczaństwo.
- W 1642 Grzegorz Schonhoff zakłada Sodalicję Niepokalanego Poczęcia NMP dla mieszczan i szlachty.
- Z chwilą otwarcia szkół (ok. 1670) utworzenie Kongregacji Mariańskiej dla studentów.
- W 1721 rektor Antoni Szyrma z fundacji Jana Nestorowicza powołuje Bractwo Opatrzności Bożej;
- Prowadzenie stacji misyjnych w Czernichowie, Dęblinie, Kobyłce i Wysocku.
2. Działalność charytatywna.
W tym okresie, zawsze jeden z jezuitów był kapelanem w szpitalu św. Łazarza, założonym przy ul. Mostowej przez Piotra Skargę. Pozostali współbracia towarzyszyli więźniom i skazańcom na śmierć. Wielu jezuitów umierało także w Warszawie podczas częstych zaraz.
- Bractwo Miłosierdziaractwo Miłosierdzia założył Piotr Skarga 31 XII 1589 przy kościele św. Jana. Jest to pierwszy widomy ślad działalności jezuitów w Warszawie. Jego siedziba znajdowała się w kamienicy przy Rynku Starego Miasta 2, róg ul. Celnej. Fakt ten upamiętnia portret ks. Piotra Skargi namalowany na frontonie domu. Bractwo to przejęło w 1591 szpital Gnojników, a w latach 1595-1670 posiadało własny szpital przy zbiegu ulic Piwnej i Dunaja, a od 1670 przy ul. Mostowej. W połowie XVIII otwarło ono nowy szpital na 100 osób, przeznaczony wyłącznie dla weneryków. Bractwo św. Łazarza zostało założone w 1592 przez Piotra Skargę.
- Zlokalizowanie stolicy państwa w Warszawie spowodowało wielki napływ rzemieślników niemieckich. Dla ich religijnej obsługi sprowadzali jezuici kapłanów z Niemiec lub Prus. Wśród nich znalazł się Jerzy Leier, który ok. 1626 założył Bractwo św. Benona dla mieszczan niemieckich. To oni, między innymi, po wielkiej zarazie w latach 1643-1655, wznieśli kościół św. Benona, od którego nazywano ich benonitami.
- W 1622 została założona, położona przy Rynku Starego Miasta (róg Jezuickiej), apteka z bezpłatnymi lekami. Musiała spełniać oczekiwania mieszkańców miasta, skoro w 1662 otrzymała od króla Jana Kazimierza przywilej przyjmowania na praktykę i kształcenie aptekarzy spoza Zakonu. Dzięki temu stała się najstarszą szkołą farmacji w Polsce.
- W 1677 założenie konwiktu dla ubogich synów szlacheckich w tzw. Domu Gotyckim na rogu ulic Brzozowej i Celnej. Jezuici, wg początkowych założeń, otwierali jedynie szkoły, nie troszcząc się o kwatery dla swoich uczniów przybyłych z zewnątrz. Uznano bowiem za bardziej korzystną sytuację, gdy młodzież dorasta i wychowuje się w środowiskach otwartych, zbliżonych do rodzinnych, niż koszarowanie jej w zakładach życia zbiorowego. Dopiero dyplomata papieski, Antonio Possevino SJ, zainicjował otwieranie internatów dla uczniów ubogich, których rodziców nie było stać na opłacenie kwater w mieście.
3. Edukacja.
Szkoły otwarto we wrześniu 1668, a po załagodzeniu sporu z Akademią Krakowską i pijarami, erygowano w 1671 oficjalnie kolegium i wyższe szkoły jezuickie. Obejmowały one klasy od gramatyki do retoryki włącznie. Do szkół uczęszczało już w XVII w. ponad 400 uczniów świeckich. Szkoły mieściły się początkowo w gmachu kolegium oraz w dwóch kupionych domach. W 1722 kupiono jeszcze jeden dom. Dwupiętrowy murowany gmach szkolny wzniesiono w latach 1724-1726 na miejscu trzech kamienic po wschodniej stronie ul. Jezuickiej. Na cześć fundatora budynków biskupa Ludwika Załuskiego szkoły nazwano Gymnasium Zaluscianum.
Na tym jednak aktywność edukacyjna jezuitów nie wyczerpywała się. Regularnie były powoływane do życia różne inicjatywy:
- W 1654 rozpoczęto pierwsze na ziemiach polskich systematyczne obserwacje w ramach pierwszej międzynarodowej sieci meteorologicznej, zwanej florentyńską.
- Kolegium szlacheckie (Collegium nobilium) otwarto w 1752 z fundacji Macieja Grabowskiego, podskarbiego WK, oraz Jana Ciecierskiego SJ. Umieszczone początkowo w kamienicy Winklerowskiej w rogu rynku Starego Miasta, pomieściło 24 kawalerów. W 1754 lub 1755 przeniesiono je do przebudowanego pałacu Kotowskich na Nowym Mieście. W 1771 przystąpiono do budowy obszernego konwiktu przy ul. Zakroczymskiej, ale kasata zakonu przerwała rozpoczętą budowę. Mimo kasaty, Collegium nobilium istniało jednak nadal.
- Wraz z powstaniem kolegium, zaczął się także rozwijać teatr szkolny (od ok. 1670). Wiele utworów było wydawanych drukiem. Tu działał też m. in. Franciszek Bohomolec.
- W drugiej połowie XVII w. założono bursę muzyczną.
- Antoni Possevino, sławny dyplomata papieski, współtowarzysz wyprawy króla Stefana Batorego pod Psków, wyraził kiedyś opinię, że biblioteki są ważniejsze od uniwersytetów. Biblioteki bez uniwersytetów mogą bowim istnieć, a uniwersytety bez bibliotek nie. I tak w 1736 r. bp Andrzej Stanisław Załuski nabył kamienicę Daniłowiczów, niegdyś własność jezuitów koronnych, aby jej dolny poziom przystosować na bibliotekę, a górę na "dostrzegalnię" astronomiczną. Księgozbiór miał stanowić ośrodek życia intelektualnego stolicy. W tym też celu przekazano ją w depozyt warszawskiemu kolegium jezuitów, aby dbali o jej należyty rozwój.
- Drukarnia jezuicka powstała w 1716, kiedy Michał Puzyna, pisarz litewski, zakupił w Gdańsku i ofiarował ją kolegium warszawskiemu. Na jej czele stanął Stefan Puzyna (brat Michała), który z racji wieku nie utrzymywał instytucji na wysokim poziomie. Dopiero od połowy XVIII w. drukarnia prezentowała bardzo wysoki poziom.
4. Działalność w ruchu oporu i powstańcza.
W okresie II wojny światowej, jezuici współpracowali z podziemiem, urządzali dni skupienia i rekolekcje dla żołnierzy AK, przechowywali archiwum bazy "Wachlarz" oraz jakiś czas radiostację. Siedmiu księży pełniło obowiązki kapelanów powstańczych. Ta jezuicka służba kapelanii wojskowej sięga korzeniami czasów króla Stefana Batorego. Najgłębiej w pamięci żołnierzy zapisali się ci z Virtuti Militari, owiani legendą księża Tomasz Rostworowski (ps. Ojciec Tomasz) i Józef Warszawski (ps. Ojciec Paweł). Ten ostatni został upamiętniony na pomniku "Powstanie Warszawskie" na pl. Krasińskich.
Za: "Encyklopedia Wiedzy o Jezuitach", WAM 1996 oraz "Jezuici w Warszawie", Kontrast 1998.